ในปีวันที่ 6 เมษายน 1992 ทหารเซอร์เบียบุกกราดยิงมวลชนบอสเนีย ทำให้ทหารบอสเนียต้องเข้าต่อต้าน รัฐบาลบอสเนียแยกตัวเป็นอิสระ และประกาศจัดตั้งสาธารณรัฐบอสเนียและเฮอร์เซโกวีนา โดยเขาขึ้นดำรงตำแหน่งประธานาธิบดี ปลุกกระแสชาตินิยมมุสลิมบอสเนียขึ้นมาและกำจัดพวกโครแอตและเซิร์บออกจากแผ่นดินบอสเนีย สงครามในบอสเนียจึงอุบัติเป็นสงครามสามฝ่าย อาลิยาพยายามเรียกร้องให้นานาชาติยุตินโยบายไม่ขายอาวุธให้บอสเนียเพื่อสนับสนุนให้โครเอเชียยึดบอสเนีย อาลิยาจึงหันไปหาประเทศมุสลิม ตุรกี ซาอุดิอาระเบีย มาเลเซียและอื่นๆจึงหันมาให้ความช่วยเหลือและเมื่อเกิดการฆ่าล้างเผ่าพันธ์บอสเนีย ตุรกี และพันธมิตรมุสลิมจึงส่งทหารเข้ามายังบอสเนีย แตกระนั้นสหรัฐอเมริกาก็บีบทุกวิถีทางให้บอสเนียยอมรับให้ประเทศตนเป็นประเทศพหุสังคมและยุติการขับไล่ชาวเซิร์บและโครแอท ในปี 1995 บอสเนียจำยอมรับข้อเสนอที่ไม่ยุติธรรม อาลิยาได้กล่าวกับประชาชนว่า ความยุติธรรมของบอสเนียหายไปแล้ว เมื่อสหรัฐอเมริกาและประเทศตะวันตกวางหมากให้เราเป็นประเทศพหุสังคมโดยแบ่งประเทศ 4 ส่วน 2ส่วนเป็นของเซิร์บและ 1 ส่วนเป็นของโครแอท ส่วนบอสเนียมีแค่ 1 ส่วน นับว่าเป็นความอัปยศของบอสเนีย